經(jīng)過我們多年生產(chǎn)實踐栽培總結(jié)出來的經(jīng)驗是選用當年表現(xiàn)優(yōu)異的羊肚菌子實體進行組織分離以后，再繁育出來的菌種進行栽培播種，由于轉(zhuǎn)代次數(shù)少，變異性概率低。再進行播種，基本可以保障穩(wěn)定的出菇率。綜上所述，掌握成熟的羊肚菌育種技術(shù)是必要的。以下為大家詳細的介紹羊肚菌菌種分離及提純復(fù)壯技術(shù)：
一，選種菇  正常情況在清晨還沒有澆水之前采摘6分熟的，沒有病害感染，蟲害咬食的健康羊肚菌作為種菇，還要看菇形與其母本的外觀形態(tài)相似度越高越好。采菇以后不要帶土裝入塑料袋中，根據(jù)不同品種寫好標簽。
二，種菇處理  將采到的種菇進行測量，稱重，并做好詳細記錄，測試種菇高，菌柄直徑，菌帽直徑，和菌帽高度。

三，準備工作  將制備好的PDA 培養(yǎng)基試管，無菌水，儲水罐，酒精棉，無菌棉攝子，酒精燈，火機，種菇等物品放到無菌操作臺上，將殺菌燈開好，無菌風機同時打開，20分鐘后就可以進行分離羊肚菌菌種的操作了。也可以在接種箱中進行，把上述物品全部放入接種箱。接種箱封閉好以后用二氯異氰悄酸納薰蒸30分鐘即可開始分離羊肚菌菌種的工作了。

四，分離菌種  1，帶好手套，伸入無菌操作臺的無菌區(qū)，或接種箱內(nèi)，先用酒精棉球?qū)﹄p手手套外表進行徹底擦拭消毒，然后用無菌水對羊肚菌種菇進行沖洗沖洗過程的水倒入儲水罐中，內(nèi)外都要沖洗，沖洗時間為2-3分鐘，沖洗以后用無菌棉吸干羊肚菌表面水分。然后將攝子用酒精棉消毒處理以后，放在酒精燈火焰順風方向燃燒消毒，再將羊肚菌菌帽與菌柄處掰斷，將菇帽部分放到一邊，只用菌柄部分，再拿起一支試管（試管和菌柄同時用左手拿好，在酒精燈火焰順風處取下棉塞，棉塞夾在右手中指和無名指之間，注意塞入試管部分的棉塞向外，不要與手接觸，右手的拇指和食指拿攝子夾取菌柄與菌帽斷開處的3毫米見方的一塊羊肚菌組織，接入試管斜面培養(yǎng)基前端，塞好棉塞，放在旁邊，注意始終保持試管培養(yǎng)基平面向下，輕拿輕放。然后再進行下一支試管的操作。

五，培養(yǎng)  將分離好的菌種貼好標簽：標簽內(nèi)容包括日期，品種名稱等信息。然后就可以放在20-23度的條件下恒溫培養(yǎng)。注意每天觀察長勢，雜菌感染嚴重的及時挑出。感染輕微的可以保留進行提純處理。

六，提純  在分離的過程中，難免有雜菌感染，根據(jù)羊肚菌菌絲生長速度快的特點，即使有羊肚菌菌絲與雜菌共同萌發(fā)生長，經(jīng)過三天培養(yǎng)，羊肚菌菌絲長勢會超過雜菌一大截，遇到這種情況時就可以進行提純處理：
1，準備工作：準備提純的菌種，空PDA試管培養(yǎng)基，酒精燈，酒精棉，接種鉤，火機。消毒處理和上述方法一致。
2，提純流程  戴好手套，用酒精棉擦拭消毒，將接種鉤擦拭消毒，然后在酒精燈火焰順風方向取下等待提純菌種試管棉塞，用接種鉤在酒精燈火焰處灼燒消毒處理以后將原來接入的已經(jīng)感染雜菌的組織塊部位的培養(yǎng)基一同鉤出試管，沒有感染雜菌長有羊肚菌菌絲的培養(yǎng)基保留1-2厘米即可。注意接種鉤盡量不要接觸到雜菌感染的部分。然后仔細對接種鉤進行徹底消毒處理以后就可以取保留的羊肚菌純菌絲接入新的PDA培養(yǎng)基中，大小以3毫米見方一塊為宜。然后將提純后的試管貼好標簽，做好記錄。再放到20-23度進行恒溫培養(yǎng)。
七，菌種保藏   分離，提純好的羊肚菌菌種以后需要及時進行菌種保藏處理，具體請參照菌種保藏方法 在適當?shù)募竟?jié)進行出菇栽培實驗。